Se encuentra en el Santuario Arqueológico de Pachacamac en Lima. El museo cuadriplica el tamaño del anterior. Tiene un ambiente para exposiciones de 1.000 m2, un auditorio, amplias zonas para la investigación, depósito de piezas, una cafetería y espacios para ventas de artículos con distintivos del santuario. En la moderna estructura se exhiben por ahora 277 piezas prehispánicas, principalmente de cerámica, madera y metal, así como textiles. Tiene paneles con explicaciones de los principales atractivos del santuario, como el Acllahuasi (La Casa de las mujeres escogidas). La atención es de martes a sábados de 9:00 a 16:30 y domingos de 9:00 a 15:30.